El Hotel Monasterio dispone de 109 Habitaciones Normales, 12 Suites Junior, una Suite de Lujo, tres Suites Presidenciales y dos Suits Reales.
La decoración y el mobiliario de las habitaciones combinan lo mejor de los estilos moderno y colonial español; muchas de ellas ofrecen hermosas vistas de la ciudad o de los coloridos tejados de Cusco.
Aún se puede sentir la presencia del pasado a pesar de encontrarse rodeado del lujo y comodidades que ofrece un hotel miembro de la colección de Orient-Express Hotels.